Les appels à projets envisagés concernent :

• 2019, 2020 et 2021 (un par an) : l’accompagnement des plans nationaux d’actions (PNA) en faveur des espèces menacées inféodées aux milieux aquatiques et humides ;
• 2020 :
  • le milieu marin ;
  • le changement climatique ;
  • les « filières agricoles et eau » ;
  • la gestion intégrée des eaux pluviales ;
  • le "paiement pour services environnementaux".
• 2021 : la lutte contre les micropolluants.

Dans le cadre du plan Ecophyto, l’agence de l’eau Loire-Bretagne a lancé trois appels à projets en 2019. Ils permettent le financement d’investissements agro-environnementaux dans les régions Bretagne et Centre-Val de Loire. Ils sont menés en accord avec les gouvernances régionales. L'agence relaie aussi l’information sur les autres appels à projets lancés par les partenaires du plan Ecophyto.